大一新生周小安戴上一枚来历不明的古代戒指,旋即一个恐怖的魔人从他口中跃出,他的命运也因此而发生了改变。 一段人类历史上的惊天秘密在他眼前缓慢揭开——自称是商王帝辛的血魔人;以人心为食物的不死尸族;自称与尸族为敌却同样可疑的天虚宫道人;充满奇异怪物却可能隐藏着人类诞生起源之谜的神迹;身上有诡异图案的神秘不死少女江玄燕……
一天,工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年,天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学,并与大器组成“Xros Heart”的篮球队,过着悠闲的生活,而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天,明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。