一年前，北方小城晨苍发生了一起仇杀案，凶手秦虹潜逃；一年后，警方在南方“发现”秦虹时，秦虹已被男友马伟成抛尸大海，尸骨无存。这是一起人证、物证俱全，凶手甚至已经交代犯罪事实的案件，但消失无踪的尸体让主管刑警刘望惴惴不安，不经疑问“秦虹真的死了吗？”
1949年8月，本来要在福州迎接解放的吴石，突然被蒋介石任命为国民政府国防部次长。为了获得更多情报，吴石按照党组织的指示毅然前往台湾就职，利用工作便利陆续向中共华东局提供了有关金门岛兵力变化、西南战役国军调动等重要情报。原本要回上海的朱枫在得知吴石原来的交通员牺牲、组织上需要派新的交通员去台湾时，也毅然放弃了阖家团圆的机会，只身去了台湾。吴石、朱枫密切合作，送出了多份重要情报。1950年2月，由于叛徒出卖，吴石、朱枫、陈宝仓和聂曦等人不幸被捕，牺牲在台北西马场町，但他们送出的舟山兵力部署图帮助解放军顺利解放舟山群岛，为全国解放事业作出了贡献。
小贤（陈赫 饰）最终放弃了500万的奖金，回到了大家的身边，因为他发现友情才是自己最宝贵的财富。而大家的老朋友美嘉（李金铭 饰）就在这时回到了爱情公寓，还带回了新男友。虽然最后分手了，但她却逐渐明白什么样的人才是适合自己的，而且也找到了新的工作，开始了新的生活。一菲（娄艺潇 饰）当上了大学的老师，事业慢慢起步 ，但感情上依然磕磕绊绊。展博（金世佳 饰）和宛瑜（赵霁 饰）结束旅行回到了公寓，但宛瑜为了梦想离开了展博，有伤心没有伤害，因为他们曾经真心相爱。有悲伤也有喜悦，关谷和悠悠恋爱多时，终于要开始准备步入婚姻的殿堂。子乔虽然一直以花花公子的形象示人，但当他找到了那个让自己心跳的女孩后，也慢慢变的成熟起来。大家在爱情公寓一起经过了那么多年，那么多事，每一个人都开始渐渐明白自己的生活方向和彼此在自己心中的位置。不仅仅有相互之间的调侃、戏谑、捉弄，也更多了...
