间宫响（竹内凉真 饰）是一名汽修工，他和恋人从高中时代就开始交往。某日，间宫响遭遇事故，被困在隧道里整整四天。当他从隧道里逃出以后，世界竟然变得像世界末日一般：街上空无一人、交通系统瘫痪、信号中断，街面也满是血迹，于是间宫响决心寻找自己的恋人。
第一季的最后一集，当迈克（文特沃斯•米勒 Wentworth Miller 饰）和林肯（多米尼克•珀塞尔 Dominic Purcell 饰）他们跑到黑帮老大阿布鲁奇派来的飞机所停泊的地方时，飞行员因为安全问题而没等到他们就离开了。逃脱的囚犯们只能望天长叹，于是，他们各自展开了逃亡生涯。 FBI追捕逃犯的资深探员马宏在副总统的授权下成为捉捕小组的主管，他决定逐个击破。另一方面，莎拉的父亲因为林肯这起案件而遭灭口，她开始相信麦克了，并从父亲的遗物那里获得蛛丝马迹；副总统的手下Kellerman 前往捉捕林肯的儿子LJ准备拿他当人质时，将LJ一家都杀死了，而却被LJ意外逃脱；一直帮助林肯的律师掌握到了越来越多的线索……一切阴谋似乎都在慢慢揭开。
