夜神月设计除掉了女友和跟踪自己的FBI的探员，趁机混进了调查本部，但是，L对他的怀疑并没有结束，新一轮的智力游戏继续进行。月和L的头脑对峙迎来了新的局面。借着“帮助ICPO逮捕Killer”的理由，月潜入了调查本部。这样月就和对月虎视眈眈的L直接面对面的交锋了。
但是，发生了月预想以外的事件，与死神硫克个性迥异的另一位死神雷姆也把自己的死亡笔记丢在了地球上，被一位崇拜Killer的小姑娘弥海砂捡到了。弥海砂主动和夜神月联系，答应协助他除掉L，条件是让月做自己的男朋友。弥海砂用自己一半的生命作代价取得了夜神月所没有的特殊能力“死神之眼”，这个能力可以直接看到对方的时候就能知道对方的真名，是对付L的最强武器，所以月同意了和小姑娘合作。但是就在弥海砂写下L的真名前，聪明的L先发制人，将弥海砂作为基拉嫌疑犯关进了Killer对策室，知道同伴被监禁后，月也提出了将自己监禁的要求，但是一切都是在月的计算之中。夜神月为了救弥海砂，想到了一个绝妙的办法--放弃死亡笔记所有权。
同时，因为制作煽动性的跟踪报道“Killer”事件而风头大劲的樱花电视台发生了一连出人意料的事情，主播高田清美追踪Killer的过程中发现了不为人知的秘密，随即第三名Killer出现了。两个死神，两本“死亡笔记”，三个Killer，一切扑朔迷离。死亡笔记的规则被公布于众，两个天才的头脑斗智也在一个一个预想之外的事件中展开。
日本七十年代cult名导石井辉男，讲述的元禄年间三个畸零、悲情的故事。 阿系篇：贫家女阿系（橘ますみ 饰）因父亲负债累累，被迫沦落风尘。某日她被流氓刁难，幸得半次（山本丰三 饰）相助，两人自此坠入情网。但半次是游手好闲之徒，他以欠债为借口诓骗阿系卖身赚钱，引发了一场悲剧…… 知世篇：富家女知世（葵三津子 饰）犹爱和丑陋、残缺之人欢愉。通过玄达医生（吉田辉雄 饰）的催眠，他们得知知世心中深藏的秘密。当她17岁参加庙会的时候，她被一个面部灼伤的人侵犯，从此竟爱上这种畸形的快感…… 水月篇：某藩藩主正亲（小池朝雄 饰）残忍荒淫，他命令侍女身着红衣站在院中，放出野蛮的公牛追逐她们，以此取乐。但其中有个叫水月（尾花ミキ 饰）的女子果敢非常，引起了正亲的注意……
烈火可以烧尽一切邪恶 但爱比烈火更为致命 职场新秀克莱尔泳池偶遇美女伊芙，遂展开一段浪漫情缘，然而当有一天她在其老板的派对上与伊芙再度重逢，却发现对方的身份并非那么简单。不久后她又被卷入了其老板的谋杀案之中，原来她早已身在局中.....
