故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
故事发生在名为美滨学园的私立寄宿制学校之中,高耸的墙壁和森严的制度让这所仅有五名学员的学校成为了与世隔绝的桃花源,某日,一位名为风见雄二(樱井孝宏 配音)的男生转学来到了这里,打破了此处维系多时的平衡,与此同时,雄二亦是学园中唯一的男性。 冷漠寡言的千金大小姐榊由美子(田中凉子 配音),大大咧咧毫无防备的周防天音(田口宏子 配音),傲娇毒舌的金发双马尾松岛满(水桥香织 配音),表面天真无邪实则神秘莫测的入巢莳菜(民安智惠 配音),温文尔雅却略微有些天然呆的小岭幸(清水爱 配音),在这些个性迥异的女孩子们的围绕下,雄二会迎来怎样的校园生活呢?
守护者马丽娜失去了奇迹宝盒以及宝盒里的精灵!如今的马丽娜只剩下奇迹米可幻奇,艾俊也只剩下自己的黑猫米可幻奇。马丽娜十分自责,对自己守护者的身份和能力产生了质疑。没有了宝盒中的其它米可幻奇,超级英雄小分队再也无法一并作战,而他们的敌人却变得更加强大。影魔蝶如今称呼自己为魔煞,拿到奇迹宝盒的他与最终的胜利咫尺之遥。在掠夺过来的米可幻奇超能力的加持下,魔煞的战斗力有了极大的提升。他还打造了全民"联盟"戒指计划,企图通过这个智能设备获取奇迹少女和黑猫罗尔的蛛丝马迹。魔煞把米可幻奇能量赋予被他黑化的人,制造出更强大的超能反派。两位英雄主角孤身奋战,但他们将会比以往任何时候都更加团结。他们该如何打败强大的魔煞以及超能反派?