影片聚焦杰克·萨利与奈蒂莉一家的命运起伏，在前作的情感余波之上，深刻描绘一个家族在战火中如何成长、并共同守护血脉相连的情感纽带的历程，从而将故事推向更具张力的全新维度。此外，潘多拉的全新领域也即将揭晓——观众将首次邂逅“风之商人”这个崇尚和平的全新游牧民族，他们乘坐独特的浮空生物飞船穿梭于各部落间，交易货物、传递信息。而更具颠覆性的是“灰烬族”的登场，这个以掠夺为生、性情凶猛的族群，与大地之母爱娃之间有着深刻的矛盾。他们的出现，将撕开潘多拉不为人知的黑暗传说。当弑亲之仇与部落恩怨交织，潘多拉的命运悬于一线——在这场跨文明的复仇之战中，人类与纳威族将如何抉择，才能真正守护各自的家园与未来？
故事发生在韩国釜山的海云台，在2004年印尼海啸中，由于船长万植（薛景求 饰）的失误导致了妍熙（河智苑 饰）父亲的死，他内心怀有深深地自责，并无微不至地照顾这个邻家妹妹，慢慢地两人暗生情愫。不过，万植的中学同学吴东春（金仁权 饰）却并不看好这对苦命鸳鸯。万植的弟弟亨植 （李民基 饰）是海上救生员，他在一次行动中，认识了富家小姐金希美（姜艺媛 饰），两人在阴差阳错的交往中，闹出了不少误会。维珍（严正花 饰）推动海云台成为世博会旅游观光点的大使，她和前夫——国际海洋研究所地质专家金辉（朴重勋 饰）育有一女，但她现已另觅爱人。金博士为此非常苦闷，同时他在观测中发现大马岛和海云台的东海地质情况跟2004年的印尼海啸如出一辙，一次罕见的巨大海啸正在逼近海云台，然而灾难防御厅却对此不以为然……
孤儿高风执着于找寻亲生父母，富家女吴菲菲斡旋于企业的种种危机中，两人本有着毫不相关的生命轨迹。某日，一起撞车事件暴露出一具埋藏多年的尸骨，尸骨似乎与高风的身世之谜有关，又藏着吴菲菲全家需要掩盖的秘密。真相被层层剥清的过程中，高风和吴菲菲从对抗到联盟，不断寻找线索。 最终，尘封二十年的正义得到伸张，两个青年走出各自的人生困局，找到生命的意义。
