時は明治十一年。急速な欧米化に伴い、政府に不満を持つ人々が増え、監獄は囚人で埋まり、脱獄も後を絶たなかった。そこで政府は、滋賀県琵琶湖に重犯罪者専用の檻、日本最大・脱出不可能な湖の監獄、獄門処を設ける。その監獄への橋渡し人を請け負う曇家の三兄弟が織り成す大冒険活劇の幕が上がる……!
有一段时间,我(作者)沉迷于伟大物理学家霍金的宇宙与时间学说,无法自拔。后来我拿到这个命题《超神学院》,同时我玩着英雄联盟这个游戏,于是,展开了我对宇宙与未来漫无边际的想象。也许《超神学院》并没有遵守任何现代科幻与奇幻的格式与套路,而毫无顾忌的做着自己的梦想,一个类似于动漫中国梦的梦想.就让我们从地球保卫战开始,慢慢探讨人与未来吧.超神学院主要分4个季度讲述神与未来的科幻/奇幻故事.第一季度重点讲述地球人是怎样建立并训练一只足以抵御未来威胁的雄兵连战队,第二季度主题则是放在航空母舰巨峡号上,开始一场波澜壮阔的地球保卫战,第三季度则围围绕乱世出英雄,来讲述每个已经成熟了的雄兵连战士的英雄故事。