故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。 另一方面，受到天秤座的黄金圣斗士童虎的引荐，天马决定前往希腊圣域接受圣斗士的训练。在圣域，天马遇到了儿时的玩伴，同时也是亚伦的妹妹萨莎。几年前被人收养的萨莎，原来竟然是女神雅典娜的转世。 2年之后，天马终于成为天马星座的圣斗士。另一方面，受到潘多拉引导的亚伦，体内的冥王哈迪斯的灵魂觉醒，并向圣域发动全面进攻……
2050年，太平洋深处孤岛的猩红别墅里，一群失忆女孩被圈养，唯有编号12的安晓尚存一丝本能。一次意外，她在储藏室撞见尸骸，唤醒了对自由的渴望，与执念寻找失踪姐姐（编号07）的林溪结成同盟。别墅主人莉娜被医生李鸣精神控制，以“被选中”为诱饵，推行末位淘汰规则。夜间“吸氧”实为记忆唤醒药物，安晓频繁梦见过往。编号5的女孩被带走时，甩出一枚鸢尾发夹，林溪认出是姐姐同款，探寻决心更甚。安晓自伤求医时，发现李鸣处有与自己相似的女孩照片，身世成谜。二人潜入储藏室，揭开“活体供体”真相——女孩们的激素被卖给富豪，林溪姐姐已因激素衰竭被“处理”。理念分歧让二人决裂，林溪独自刺杀莉娜，却得知安晓是莉娜的女儿，也是李鸣培育的“完美供体”。殊死搏斗中，林溪护安晓被麻醉，莉娜奋力护女，安晓恢复记忆后彻底反抗，这群女孩终在守护与救赎中破茧重生。
物語は新たなステージへ──『POP IN ２』のリリースから半年。ＭＥＭちょの尽力の甲斐もあり、今やB小町はブレイク寸前。アクアはマルチタレント、あかねは実力派女優の道を順調に歩んでいる。一方で、かなは以前の明るさを失っていた。そして、アイとゴローの死の真相を追い求め、ルビーは芸能界を駆け上がる。────嘘を、武器にして。
