从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
2011年，从一个约定开始。2017年，这是我们共同的奇迹。阔别六年再飞行，这一次麦当、咕咚和笛亚在木星遭遇有史以来最大危机，矛盾重重，生死一线，麦当一行能否突出重围？
由于两位假面骑士的活跃，邪恶组织·杰鲁修卡被消灭，但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动，而受到该邪恶组织的追杀，之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造，但二人知道改造人的悲哀，而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机，志郎舍命相救，被机关所伤而奄奄一息，为了救他一命，1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。
在巴格达城中卖水的青年阿拉丁（青島幸男 音）迷上了美丽的女奴隶米丽安（岸田今日子 音），可是身无分文、无权无势的他根本不是治安官之子哈瓦拉昆的竞争对手。幸亏一场突如其来的龙卷风，阿拉丁趁乱带走米丽安，并与其度过激情一夜。好景不长，觊觎王位的巴多利（芥川比呂志 音）指示四十大盗捉住阿拉丁，并将其投入监狱；米丽安则被送到哈瓦拉困的府中，伤心的米丽安生下孩子后郁郁而终。借助看守长的帮助，阿拉丁成功越狱。在得知爱人死去的消息后，他开始追踪仇人巴多利，也由此开始了一段充满惊险和刺激的奇幻之旅…… 本片为漫画家手冢治虫及其工作室面向成人制作的三部长篇动画的第一部。
