全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
总学生人数为5万4千人的私立萨修诺学园，采从初等部、中等部到高等部一贯教育系统。所以，在这学园内有著多到数不完的社团活动，而其中最让人感觉奇异的社团，便是“英雌部”。 英雌部的一切活动，均是在暗地里进行，旁人皆不得而知，因此在学园内的风评不佳。但是，从一位品学兼优运动万能的美少女东云知花为开头，社团内充满著个性美少女。这些女同学，将刚进入高等部的少年三船传助，强迫其加入社团。人生平淡无奇的传助一加入后，开始了艳遇、爱情、麻烦接踵而来的学园生活，就此开演……
魅灵侵袭，古神大陆的安宁将如何守护？ 本源之力，所得的生命之水遭八方觊觎…… 亲情与道义，安有两全抉择？ 被构陷结魔，该如何挣脱囹圄？ 林枫能否战胜魔尊分身，重塑魔尊封印，守护古神大陆安宁？
これまでのクエストへの慰労として、真人たち一行は白瀬の招待でリゾートビーチにやって来た。水着姿で早速遊び始める一同。 もっとも真人だけは「母親と一緒に海水浴」を素直に楽しめない。そんな中、ひょんなはずみで、真人は頭を打って記憶喪失に！ 自分のことを「大事な人」と言う真々子を「美人のお姉さん」と認識し惹かれていく真人は、真々子の願いを次々と叶えてあげようとする。 その様子をしばらく見守っていたワイズやメディだったが、真人はこのゲームでの冒険に興味を失ってしまうマズイ状況に。 果たして記憶は戻るのか？
