自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
1998年夏季，拥有预测型未来视的女孩濑尾静音（井口裕香 配音）邂逅伽蓝之堂的黑桐干也（铃村健一 配音）。从对方口中，她了解到未来视的真相，心中的疑惑和焦虑也烟消云散，但同时也看到了干也悲剧性的未来。另一方面，拥有测定型未来视的职业炸弹狂魔仓密目琉夏，利用自己构建的未来制造一系列恐怖袭击事件，直到他遭遇冷静干练的两仪式（坂本真绫 配音），命运的齿轮开始转动。转眼来到2010年，失去了未来视能力的瓶仓光瑠（石田彰 配音）转行做了绘本画家，命运安排他和两仪式及其女儿未那（金元寿子 配音）相逢，此后他和崇拜自己的未那拜访了传奇占卜师观布子之母……本片根据奈须蘑菇以及武内崇创作的同名原作改编。
虽然患有心脏方面的疾病，但是少年翔（神木隆之介 配音）的父母依然对他疏于呵护。为了准备即将到来的手术，翔来到了位于偏远乡间的姨婆（竹下景子 配音）家静养。姨婆家位于一片幽静的丛林中，这是一幢有着上百年历史的欧式别墅。这里除了生活着姨婆和女佣阿春（树木希林 配音）外，还有一个奇特的三口之家，“借东西一族”——小人阿莉埃蒂（志田未来 配音）和她的爸爸（三浦友和 配音）妈妈（大竹忍 配音），他们生活在别墅的地板下，只有几公分高，过着不为人类察觉的生活。遇到所需的日常用品时，便会在夜深人静之时偷偷潜入厨房借出来。翔无意中瞥见阿莉埃蒂的身影，他有心接近这些传说中的小人，却不知不觉打扰了他们的生活…… 本片根据英国作家玛丽·诺顿的原著《借东西的小人》改编，并荣获2011年日本电影学院奖最佳动画片奖。
进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗？浮云楼仙境银行里有什么秘密？被困在镜中世界的金王子，齐娜、菲灵、莫纱、荒石，又会如何呢？火领主自由了吗？辛灵仙子会复活吗？又会发生什么新的奇遇呢？黑衣人到底是谁？女王的真实目的是什么？灵公主为什么囚禁火领主？人类世界会和平吗？
