警界风云人物许平秋（常戎 饰）到警校选拔“精英”，余罪（张一山 饰）等人参加第一次集训并通过考核。第二次集训内容为没有身份证，在洋城生存四十天。余罪通过推断找到安嘉璐（孙佳雨 饰），通过反跟踪林宇婧（吴优 饰）找到了其他同学。鼠标（王戈 饰）在一次混乱后"失踪"，余罪“误杀”了绑架鼠标的人。余罪入狱时才知自己被瞒骗，而后与狱友傅国生（张锦程 饰）成为知己。余罪加入特勤并成为卧底后成功接近傅国生等人。傅国生将余罪派到郑潮（杜胤伟 饰）身边。郑潮在余罪不知详情时利用他运毒，余罪在交易时毁坏信号干扰器引起毒贩怀疑并中枪。余罪被焦涛（于笑 饰）所救，他的存活令郑潮感到不安。余罪想利用傅国生郑潮之间的嫌隙除去郑潮。而郑潮欲用警方除去余罪。
35世纪的今天，千年前曾在人间的变异族群被人类击败后，统一关押在地核成为地界人。近年来，随着地接牢笼封印的松动，屡有地界人逃到人间，利用自身异能作案。龙城建立了特别调查处，与地界管理者黑袍使合作，专门打击异能犯罪。吊儿郎当的年轻处长赵云澜走马上任，开拓了全新的局面。
1942年3月19日傍晚，一架载有笃信者的盟军飞机飞抵仰光机场，降落之时发现机场已被日军占领，奋起复飞，不料第二天最高当局却收到了飞机被击落的AAAA级电报，引起了当局极大恐慌，笃信者此次的使命是向中国战区最高当局送达一份绝密的行动方案及联络密码，当局命令军事情报部门不惜一切代价，查到失踪飞机和笃信者的下落。 笃信者此次携带的是此次轰炸东京的全部绝密计划，与太平洋上的航母编队以及与执行轰炸任务的轰炸机编队的联系密码，一旦这份文件落入日军手中，不但轰炸东京计划将失败，还会使得整个护送舰队沦为日军嘴里的待宰羔羊！ 笃信者受伤跳伞，降落到了日军海军第六航空基地驻守的三灶岛，被当地岛民营救并藏匿。日军对岛屿实施了严密的封锁，派人上岛营救几乎是天方夜谭。面对这个不可能完成的任务，军事情报部门不得不启动了一支长期静默的情报组，唤醒了驻扎日本的情报员伐木工----
《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。 由“铁三角”张铁林、张国立、王刚主演的系列电视剧《铁齿铜牙纪晓岚》，至2009年已发行四部。作为该系列电视剧的第三部，本剧集不仅由这三位老戏骨继续联袂演绎，更在人物关系的设定上，邀请台湾笑星张庭出演神秘女子陆琳琅，为本剧增色不少。
