段天涯（李亚鹏 饰），归海一刀（霍建华 饰），上官海棠（叶璇 饰），成是非（郭晋安 饰）是护龙山庄的四大密探，各自有着江湖众人无法匹及的绝技，效命于神侯朱无视（刘松仁 饰）。此时因正德皇帝(邓超 饰)痴傻，政局混乱，东厂趁乱把持朝政，迫害忠良。权倾朝野的东厂太监总管曹正淳(李建义 饰)更是仗势欺人，处处与护龙山庄为敌。正在四人深陷于儿女情长和身世经历之时，当前形势急剧恶化，一件又一件命案直指护龙山庄，无形的阴谋笼罩着护龙山庄，神侯更是因为被奸人诬陷锒铛入狱。而神侯此时趁机设局假死，在四大密探联手合作下将曹正淳一伙连根除去。原本以为阴谋就此结束的四人此时却发现，原来皇帝的痴傻实为伪装，而身边最大的阴谋家正是养育他们长大，却窥探皇位二十多年的神侯！
歇洛克·福尔摩斯的药物成瘾的根源来自他的内心，在自己和华生医生的努力下，他暂时摆脱了毒品。可是，问题并没有消除，只是潜伏下来了，并且潜伏得很深。在第三季季终，福尔摩斯不幸复吸，其父听闻这一消息后赶往纽约。华生则在丧偶后回到福尔摩斯身边。
距离第三季结尾已经过去一年时间了，Christine Johnson在第三季结尾的悲剧中丧生，异常点研究中心的三名核心队员（Danny、Connor和Abby）仍然下落不明，英国内政部对Lester的领导能力产生了怀疑－－他们认为Lester根本无力独自指挥这样一个危险而耗资巨大的项目。内政部决定为异常点研究中心注入新鲜血液：Philip Burton。Philip既是一个著名的科学家，也是一个富可敌国的商人。异常点研究中心变更为「公私合营」后，总部也搬到了Philip的工业大厦里－－这里每天都有很多科学家进进出出，与原来异常点研究中心的「军管」氛围完全不同。也正是因为如此，「谁是异常点研究中心的实际控制者？」成了一个无解的问题－－尽管Lester继续负责研究中心的日常事务，但财政大权和部分行动的决定权却在Philip手中。 为了填补Connor、Abby和Danny失踪后留下的空白，异常点研究中心聘请Matt担任新的外勤队长，负责处理怪兽入侵事件。Matt当过兵，也当过动物学家，对动物有着超乎常人的亲和力。Matt寡言少语，很少谈论自己的过去，他加入异常点研究中心的真实目的始终是个谜。Connor以前担任的「科技总监」的职责由新人Jess接管，这位对技术十分痴迷的女孩现在控制着异常点研究中心的一切技术活。与此同时，Jess悄悄爱上了Becker上尉，但粗心的Becker浑然不知。自从异常点研究中心被毁后，Becker便离开了军队。他认为自己该为Connor等人的失踪负责。他现在以平民的身份担任新异常点研究中心的警卫队长，配备了新的制服和新的泰瑟枪。 与此同时，被困在白垩纪的Connor和Abby依靠树根和虫子为食，艰难地熬过了一年时光。在这一年里，他们学到了很多对付远古怪兽的方法，听觉、感觉、触觉、嗅觉和动作都敏锐了许多。正所谓患难见真情，Abby和Connor更加亲密了……但现在似乎不是谈情说爱的好时机。务实的Abby比爱幻想的Connor更能适应他们现在的处境，更何况Connor是个科技迷，离开那些高科技设备让他感觉很难受。他们最终回到了正确的时间线，但……异常点研究中心的变化实在是太大了！
