故事发生在宋金年间，道教侯任掌门天生（关礼杰 饰）和程若诗（周慧敏 饰）两情相悦，若诗的腹中更是有了天生的骨肉，两人想要隐居古墓，逃离江湖纷争。天生的师兄玄生（林尚武 饰）觊觎九阴真经，勾结金人企图造反，逼得天生出山，与之势不两立。争斗之中，玄生劫持了若诗母子，最终，为了保护家人，天生不幸遇难，临死前，他将儿子托付给了师兄黄裳（黎汉持 饰）。 一晃眼20年过去，天生的儿子（郑伊健 饰）业已长大成人，某日，他遇见了名为完颜峯（罗嘉良 饰）的金人，趣味相投的两人结为兄弟，天生的儿子亦得名重阳。偶然机会下，王重阳救了一名名为林朝英（梁艺龄 饰）的女子，谁知该女子一心要杀王重阳的义父黄裳报仇，而二人日久生情却误会重重，爱恨纠缠。随着时间的推移，重阳也渐渐得知了自己的身世，他决心替父母报仇。
杨过（陈晓 饰）是杨康之子，于偶然之中被郭靖（郑国霖 饰）和黄蓉（杨明娜 饰）夫妇收留，然而杨过虽有极高的武学天赋却生性顽劣四处招惹是非闯下大祸，郭靖夫妇无奈之下将他送往全真教，希望师傅能够好好调教。 无法忍受苛刻森严的教规和苦不堪言的日子，杨过决定逃跑，却在误打误撞之中闯入了禁地古墓之中，在那里邂逅了恍若天人的小龙女（陈妍希 饰），就这样，杨过成为了小龙女的徒弟，修习古墓派武功，随着时间的推移，杨过和小龙女之间渐渐产生了超越于师徒之上的感情。李莫愁（张馨予 饰）的闯入使杨过和小龙女被卷入了剪不断理还乱的江湖纷争之中，他们所要面对的，不仅是明争暗斗腥风血雨，还有漫长的十六年的别离。
