二十年前,世界各地突然出现了为数众多的“灵墟大门”,从中喷涌而出的灵气会让接触到的人觉醒异能。这些觉醒了异能的人,被称之为“灵武者”。与这其中,“空间系”灵武者因为在“兽潮劫难”的突出表现以及其觉醒人数的稀少,成为了最强的代名词。江南在灵州江城的孤儿院长大,从小立志成为最顶级的灵武者,十六岁的他觉醒了最强且最稀有的空间系异能,成为灵洲第二个空间系异能者。本作品的故事就从这里开始……
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
十七岁的桐山零(河西健吾 配音)是一名将棋棋士,悲惨的童年遭遇让他自幼便失去了家人,这么多年来一直背负着沉重的记忆独自生活,长此以往,零已经习惯了压抑自己的感情,在心房周围筑起了无法撼动的高墙。某日,零邂逅了川本家的三姐妹——温柔体贴,擅长照顾他人的大姐川本明里(茅野爱衣 配音)、个性开朗乐观,非常不擅长料理家事的二姐川本日向(花泽香菜 配音)和还在上托儿所稚气未脱的小妹川本桃(久野美咲 配音)。三姐妹的出现让零再度感受到了家的温暖,找回了久违的快乐。与此同时,二海堂晴信(冈本信彦 配音)、三角龙雪(杉田智和 配音)和松本一砂(本村昂 配音)等强劲对手的出现,亦令零燃起了对将棋的热爱于斗志。