本次公开的第二季动画标题为《我的妹妹哪有这么可爱。》，乍看之下似乎与第一季没什么区别，其实区别就在于最后的一个“。”句号。本次有意将第一季标题加上句号作为第二季的标题，不得不令人联想第二季是否意味着真正完结？
十年前，几乎毁灭世界的大灾难中，卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救，成为其养子。 十年后，士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为“正义的伙伴”，而每日不停的进行魔术锻炼。 偶然的一天，士郎被卷入了称为“圣杯战争”的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位“英灵”结成契约。所谓“圣杯战争”，胜利者可以获得圣杯来实现任何愿望。于是，七位魔术师与七位“英灵”一起加入了这个为了创造奇迹的厮杀之中。 卫宫士郎深知，十年前的那场大灾难就是“圣杯战争”引起的，为了避免悲剧再次发生，他与自己的“英灵”Sabar一起，投身于这充满危险与艰辛的”圣杯战争”之中。
宁静的九州乡间小镇，生活着平凡的少女岩户铃芽（原菜乃华 配音）。这天上学路上，她邂逅了神秘的白衣青年宗像草太（松村北斗 配音）。草太的言行举止引起了铃芽的好奇，她随着这个青年来到了一处废墟，并看到了一扇在水中央突兀伫立的门。懵懵懂懂，铃芽无意间解开了某个古老封印。在此之 后，一场地震突发，而偏偏只有铃芽才能看见地震前发生的诡异现象。随后这个惶恐的女孩才发现，草太原来是有着古老传承的闭门师，他巡游日本各地正是为了阻止更大的灾难发生。 从西日本到东日本，追逐灾难的旅途中，铃芽尘封的记忆也渐渐苏醒……
