在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量,竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司!命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下,在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识,慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
收复玉龙国、打败天地盟主之后,神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长,黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心,元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡(玄天邪帝),并且开始了对玉岛国(玉龙国的姊妹国)进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援,没想到南宫逸不在家,反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来,玉龙国元首知道了这件事,马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天,一场正邪大战又开始了......
自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」,已过了十多年。觉醒了特殊能力,被称为「猎人」的人们,与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间,其等级也不会再有变化。然而,被称作是人类最弱兵器的程肖宇,在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力,得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务,得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇,为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材,而投身于新的战斗之中。