晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
秦牧天生凡体，历经考验成为天魔教教主，被延康国封为第一任太学博士。延康国叛乱之战中秦牧引来魔神，掀起浩荡风云，后随武可汗入楼兰黄金宫，一个人打遍圣宫无敌手。他返回延康,助国师平叛、造射日神炮，后得人皇传承成为新一代人皇。机缘巧合下秦牧得知自己的身世,借助道门小玉京等人帮助，开启道法神通改革的大世。
2018年10月31日。ハロウィンで賑わう渋谷駅周辺に突如“帳”が降ろされ大勢の一般人が閉じ込められる。そこに単独で乗り込む現代最強の呪術師・五条悟。だが、そこには五条の封印を目論む呪詛師・呪霊達が待ち構えていた。渋谷に集結する虎杖悠仁ら、数多くの呪術師たち。かつてない大規模な呪い合い「渋谷事変」が始まる―。そして戦いは、史上最悪の術師・加茂憲倫が仕組んだ殺し合い「死滅回游」へ。「渋谷事変」を経て、魔窟と化す全国10の結界コロニー。そんな大混乱の最中、虎杖の死刑執行役として特級術師・乙骨憂太が立ちはだかる。絶望の中で、なおも戦い続ける虎杖。無情にも、刃を向ける乙骨。加速していく呪いの混沌。同じ師を持つ虎杖と乙骨、二人の死闘が始まる——
