时间为战国时代,世上所具有的各种魑魅魍魉、异形妖怪等非人灵力生物总称为”暗“。喜欢人类的暗——妖狐玉,以及厌恶人类的仙道——迅火,成立了名为“救世姐弟”的组合进行著扫荡罪恶的救世活动,途中遇上了武士兵头真介。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众,他们为了消灭对人类作恶的暗“障怪”的以不人道的方式进行人体改造,迅火等人与他们产生激烈冲突!人类当中也有坏人,非人类的存在也不见得都是邪恶的,迅火因过去的事而极其讨厌人类,但在旅程当中,也逐渐目睹到人类善良的一面,他是否能有所转变呢。
天地是万物众生的客舍,光阴是古往今来的过客。苍天残面张开诡异之眼,所视之处生灵涂炭,化为永恒的禁区。末世之中,因果随行,死地后生。
故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天,因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样,被人称为“宙人”。他对人类充满好奇,积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时,尘封的记忆碎片被唤醒,宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁,强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼,与怪兽作战。随着故事推进,来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。