これは拝み屋 京極堂がまだ古書店を開く前の物語―― 舞台は戦後間もない昭和23年、東京。 新制高校の二年生に進級した日下部栞奈は、国語の新任講師・中禅寺秋彦と出会う。 栞奈の周囲では、怪異にまつわる奇々怪々な事件が次々と発生。今日もまた、栞奈は助けを求め、仏頂面の中禅寺先生が待つ図書準備室の扉を開けるのだった――。
第四次非核大战一年后的2027 年,在还留有战争痕迹的新滨市,发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中,公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地,却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是,追查这起案件的并非只有草薙一人,拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人,因而紧咬着不放;以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外,「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想,草薙的本能将自此觉醒(ARISE)……。