宋皇徽寒宗赵佶深好蹴鞠，大奸臣高俅凭出色球技而被赏，得赐高官厚禄，但为己私利残害忠良、操纵蹴鞠胜负。北方金人强盛并举兵压境，提出以蹴鞠胜负决定国家存亡。高俅不顾国家利益和民族尊严，派杀手狙杀洪风、向流云等人。幸风、云二人在“太和楼”进身“齐云社”过程中苦练成“新月如钩”、“二人小出尖”、“昆仑三脚”等绝技，在好友索玉儿、金宝贝及高城侠女秋燕等人的帮助下，终于在生死存亡的危险关头，击败金人消除灭国之灾。并携徽宗特赐金靴举家避高俅追杀远走西域，传播中华蹴鞠文化于世界。
开学第一天，普通高中生五河士道（岛崎信长 配音）如常来到学校，不料遭遇了突如其来的“空间震”现象。同学们纷纷躲进避难所，士道想起与妹妹（竹达彩奈 配音）的约定，他不顾危险跑到街道上，却遇到一个穿着盔甲手持大剑的神秘美少女（井上麻里奈 配音）。美少女正要攻击他时，同班同学鸢一折纸（富樫美铃 配音）率领着AST部队，与她展开了激烈的战斗。随后士道被带入空中舰艇，他惊讶地发现司令官竟然是自己的妹妹！他还得知那名少女是“精灵”，一直以来困扰着人类世界的空间震现象，正是这种精灵造成的。 要对付精灵，除了出动部队赶尽杀绝以外，还有另外一种方法，而这种方法只能依靠士道。那就是与精灵约会，感化她，让她爱上这个世界，爱上人类。平凡少年五河士道，能不能攻略这个绝美精灵少女？
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路——围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
当世界仍在从上一季的全球灾难中恢复之际，已发生变化的马克因内疚而痛苦不堪。他在全力保护家园和挚爱之人时，与一股强大的新威胁正面交锋，这股威胁足以永远改变人类的命运。
2014年3月27日發售的動畫「某科學的超電磁炮s」公式視覺書同捆新作的OVA動畫「重要的事情全部是在公共浴室里學到的(大事なことはぜんぶ銭汤に教わった)」。
