故事主要讲述了女主角桃园奈奈生因好赌而欠债的父亲不知去向,被讨债的人赶出了家。在走投无路之时,她帮助了一位被狗追的懦怯的男人,得知她的遭遇后神秘的男人说出了「我把我的家转让给你吧。」这样出奇的话……
全剧从银河帝国的视角出发,Nightsister Morgan Elsbeth和前绝地武士Barriss Offee扮演关键角色,剧中也将探讨Elsbeth的崛起,Thrawn、Grievous将军也将现身;Offee则在通往审判所的道路,见到了Grand Inquisitor Darth Vader本人。
女主角“不动纯”是一个有特殊体质的人,她可以变身成“恶魔人”。有一个专门的组织和她达成了协议,由她来消灭其他的恶魔人。就在女主角消灭了一个又一个恶魔人之后,组织里的头头“兰”开始了一项可怕的计划。原来,世界上有很多人都有突变为恶魔人的体质,只是未被触发而已。兰宣称为了不让更多的人变成恶魔人,要给全世界的人注射预苗,而这预苗其实就是诱发基因突变的药物。很多人变成了恶魔这些恶魔人被就因为长的怪就给正常人欺负可以说是没有了人权。而兰也是只个很特殊的人,他利用女主角对他隐隐约约的感情和她完成了最后的仪式。
东京峰会召开在即,为了确保会议顺利进行,日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下,此地已然发生了爆炸案。令柯南(高山南 配音)等人始料未及的是,现场居然留下了对毛利小五郎(小山力也 配音)极其不利的证据。在此之后,小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场,并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白,柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场,搜集证据。随着调查的深入,柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系,而真相更令所有人瞠目结舌…… 本片是“名侦探柯南系列”第22部动画剧场版,票房总收入超过90亿日元。