晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
木下和也是一名 20 岁的大学失败生。他好不容易亲了女友一次，结果一个月后就被甩了。 「呃……真该死。我再也不想经历这种事了。」怀着满腔怨恨，和也用某种方法去约会一个女孩。他来到约定地点，突然听到「你是和也君吧？」一个梳着黑色长发的女孩笑着站在那里，她叫水原千鹤。租一次真的能擦出火花！一场充满爱与激情的疯狂爱情喜剧即将上演！
一年一度的春节即将到来，人们都陷入了一片欢快的节庆气氛之中。孤身一人在外的光头强（谭笑 配音）也想回家过年，只是李老板（张伟 配音）还拖欠着他的工资，光头强还期盼着能够用这笔钱给在老家的父母置办一点年货。最终，光头强找到了一份护林员的工作，和动物们一起保护森林的安全。 可是，李老板似乎是诚心要给光头强找麻烦，他派出了伐木机器人来到光头强守护的树林里大肆开采。为了履行自己的职责，光头强和熊大（张伟 配音）、熊二（张秉君 配音）、毛毛（孙尧东 配音）、涂涂（万丹青 配音）等可爱的动物们一起和李老板抗争到底。
水门都市普利斯特拉一战中，昴一行艰难取得了胜利，但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能，蕾姆陷入沉睡，库珥修失去了记忆，而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中，昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽，以及超乎想象的威胁，重重险阻横亘在前。为了与同伴一起，夺回失去的一切，少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——
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