那本来是一次寻常无奇的演习，谁知竟遭遇了前所未有的状况。某天，调查兵团104期学员奉命前往40公里外的目的地寻找目标，在交换任务记录后原路返回。稀松平常的旅行，一路炎热干燥，乏然无味。艾伦•耶格尔原打算加快步伐行进，却不得不听从大家的意见缓慢行军，期间还因为猎杀蜥蜴的问题和让发生争吵。与此同时，马可的另一队先行赶到目标地，却发现了盗贼活动的痕迹。夜幕降临，围在篝火旁的艾伦和让继续为了蜥蜴的事情争吵，当大家都进入睡眠中时，一伙蒙面之人却悄悄向他们逼近……
沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
