当初为了避开巨人的进攻,人类修建了地下街道,不过这项企划很快废止,地下街最终成为贫民与无法之徒的栖息之所。利威尔(神谷浩史 配音)和法兰是一对好朋友,他们自行学会了立体机动装置,渴望有朝一日沐浴在阳光雨露之下。偶然的机会他们救助了被人追杀的女孩伊莎贝尔,伊莎贝尔则恳求二人教她使用立体机动装置。在此之后,他们被神秘政客召唤,要求执行一项绝密任务,以赢得地面居住权。行动中他们遭到调查团的追捕,埃尔文·史密斯(小野大辅 配音)欣赏利威尔等人的实力,于是将其招入调查团中。 三个少年如愿走上地面,不过他们仍没忘记未完成的任务…
司馬宙はカーレースで瀕死の重傷を負い、父親である司馬博士の技術でサイボーグとして生まれ変る。すでに司馬博士自身は亡くなっているが、その知能と意思の全てが巨大コンピュータの中に収められ、マシンファーザーとして司馬を指導する。司馬博士殺される原因となったのは、彼が発掘した銅鐸が、敵の古代帝国である邪魔台国の重要な秘密を握っていたためだ。それが今、司馬宙の体内に埋め込まれている。その銅鐸を奪うために、古代よりの侵略者、女王ヒミカとその配下たちが操るハニワ幻人が襲来する。卯月美和の乗るビッグシューターから射出されるジーグのパーツと、頭部に変形する宙が合体、鋼鉄ジーグとなって磁力を駆使した戦闘用オプションパーツを使いハニワ幻人を倒し、ヒミカの野望を打ち砕く!