飞弹伤无（赤羽根健治 配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳 配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。 实际上，飞弹伤无拥有着一项特殊能力，那就是通过触摸女孩们的身体来增加她们的装甲的威力。外冷内热嘴硬心软的千鸟渊爱音（影山灯 配音）、热情奔放身材傲人的优莉西亚（赤崎千夏 配音）、风纪委员姬川映流（长妻树里 配音），在学园里，飞弹伤无很快就交到了朋友。
高中女生朝雾彩，在学校中朝雾彩每天被同学欺凌在家中被哥哥虐待，在精神几乎崩溃之时，朝雾彩误打误撞的进入了一个「魔法少女网站」获得了魔法少女的手杖拥有了魔法力量，而在某天彩又被同学欺凌时使出了手杖的力量，同学突然从自己的眼前消失之后，同学出现在了一个远离自己的地方最后凄惨的死去。 而这个魔法少女手杖的能力并非能够无限使用，使用一次使用者的寿命就会减少，当魔法少女手上的纹章完全消失时魔法少女就会死去。 而在故事的设定中一共有 18 个魔法少女网站，有 18 个网站管理人也就是至少存在 18 位魔法少女，尽管女主角圣母属性爆棚因为意外的杀死了同学而负有罪恶感，但有其他魔法少女在抢夺手杖从而引发了魔法少女之间的争斗。
