自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
1999年,由于数码世界资料异常增生,导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象:东南亚没有下雨,池塘全部干涸;中东却因为连场大雨发生洪水;美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一(藤田淑子 配音),和伙伴石田大和(风间勇刀 配音)、武之内空(水谷优子 配音)、泉光子郎(天神有海 配音)、太刀川美美(前田爱 配音)、城户丈(菊池正美 配音)、高石武(小西寛子 配音)一起参加了夏令营,一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里,他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后,八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽,眼看大家都要被抓住的时候,太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽,拯救了他们。进化到底是怎么回事情?数码世界究竟是什么?无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前,精彩的冒险就这样开始了……
2011年,从一个约定开始。2017年,这是我们共同的奇迹。阔别六年再飞行,这一次麦当、咕咚和笛亚在木星遭遇有史以来最大危机,矛盾重重,生死一线,麦当一行能否突出重围?