拥有独树一帜力量的战争之神——格雷。某一天，他一如往常地进入梦乡，醒来后却来到了充满各种魔法和怪物的新世界，转生成一位叫做「亚瑟」的孩子。无法追查上辈子死亡的真相，但比起活在过去，他不断努力适应这全新的生活。随着年龄的增长，亚瑟的能力也渐渐觉醒，并开启了与新伙伴的冒险…！
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹，他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生，被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格，一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在，被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见，各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子，而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵，试图夺取他们的力量，因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
时间是西元2040年。罹患罕见疾病的青年·怜人，在与青梅竹马绘理沙相约再会之后接受了冷冻睡眠治疗。过了5年后，怜人醒来之后等待他的却是全世界99.9%的男性皆感染病毒而死，现存50亿人口大多为女性的世界。近未来情色悬疑物语就此开幕。
东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令所有人瞠目结舌…… 本片是“名侦探柯南系列”第22部动画剧场版，票房总收入超过90亿日元。
