仙之巅，傲世间，有我祖安就有天，天下剑仙三百万，遇我也需尽低眉，我为键仙自当镇压世间一切敌，谁在称无敌，哪个言不败？
柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
天净沙命令五败之伤帮他进入了魅谷，在心中解释“与其回到玖宫岭，倒不如去昧谷破坏传送门，这样既可以阻止零的继续侵入，还可以让假叶和霸零不能顺利退出玖宫岭。”……这边的胄已经离开试炼场地，情况有些逆转，还好有子言等人……褪忆林的情况还很乐观，但是学生宿舍那里，山鬼谣居然来到了？！而弋痕夕老师那边，碧婷和游不动受伤了，在弋痕夕老师为两人疗伤时，出现是谁？辗迟那边，辗迟被胄骗到了心境的另一边，胄开始吸取辗迟的零力……
『#13' 炎天下の撮影モデルも楽じゃありませんわね。』が、2010年7月24日発売の『とある科学の超電磁砲 OFFICIAL VISUAL BOOK』付属DVDに収録された。テレビアニメ第1期第13話と平行したオリジナル短編エピソードである。
司馬宙はカーレースで瀕死の重傷を負い、父親である司馬博士の技術でサイボーグとして生まれ変る。すでに司馬博士自身は亡くなっているが、その知能と意思の全てが巨大コンピュータの中に収められ、マシンファーザーとして司馬を指導する。司馬博士殺される原因となったのは、彼が発掘した銅鐸が、敵の古代帝国である邪魔台国の重要な秘密を握っていたためだ。それが今、司馬宙の体内に埋め込まれている。その銅鐸を奪うために、古代よりの侵略者、女王ヒミカとその配下たちが操るハニワ幻人が襲来する。卯月美和の乗るビッグシューターから射出されるジーグのパーツと、頭部に変形する宙が合体、鋼鉄ジーグとなって磁力を駆使した戦闘用オプションパーツを使いハニワ幻人を倒し、ヒミカの野望を打ち砕く！
