正就读中学的少年迈尔斯(沙梅克·摩尔 Shameik Moore 配音)意外被一只遭受放射性污染的蜘蛛咬伤,随后身体发生奇特的变化。偶然机缘,他目睹了蜘蛛侠(克里斯·派恩 Chris Pine 配音)和犯罪头目金并(列维·施瑞博尔 Liev Schreiber 配音)的战斗。为了阻止金并利用时空对撞机扰乱宇宙,蜘蛛侠最终壮烈牺牲。可未过多久,来自平行宇宙的颓废的彼德·帕克(杰克·约翰逊 Jake M. Johnson 配音)出现在迈尔斯面前。为了阻止金并的阴谋,并帮助这个帕克返回自己的宇宙,他们闯入金并的老巢。在这一过程中,二人遭到章鱼博士和徘徊者的狙击。与此同时,来自其他宇宙的女蜘蛛侠、暗影蜘蛛侠、蜘猪侠、二次元蜘蛛妹相继出现。 他们合力与恶势力展开斗争……
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗?浮云楼仙境银行里有什么秘密?被困在镜中世界的金王子,齐娜、菲灵、莫纱、荒石,又会如何呢?火领主自由了吗?辛灵仙子会复活吗?又会发生什么新的奇遇呢?黑衣人到底是谁?女王的真实目的是什么?灵公主为什么囚禁火领主?人类世界会和平吗?