青木大介（间岛淳司 配音）是一个个性朴素，面对女性有些还有的普通男子，身为教师的他目前任教于一所小学。不知为何，就是这样一个无比平凡的人，居然被班上有名的问题儿童九重凛（喜多村英梨 配音）看上了，性格奔放泼辣的她当即决定，这辈子非青木老师不嫁。 为了追求青木，凛设计了许多作战方案，但在两个损友镜黑（真堂圭 配音）和宇佐美美（门胁舞以 配音）的“帮助”下，这些作战均以失败告终。不仅如此，在学校里，还出现了宝院京子（田中凉子 配音）这一强大的情敌，一时之间凛如临大敌。在打闹之间，本来对凛感到十分头痛的青木竟然逐渐的开始在意起凛的一举一动来，这差距甚大的两人最终能够走到一起吗？
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
冰皇海波东曾经是一位冷血的杀手，接到雇主的任务前往沙漠寻找一名蛇族蛇女，在带回蛇女的时候发现蛇女已经失忆。在此期间海波东了解到蛇族同样在寻找这名失忆的蛇女，同时还遇到了一位神秘黑衣蛇人与她多次交手最终被其所重伤。海波东为了完成任务，带着重伤将蛇女带到自己的藏身之所治疗伤势，一路上遇到了各种危险……
收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......
