月落和亚晨是一对双胞胎兄妹,他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生,被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格,一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在,被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见,各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子,而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵,试图夺取他们的力量,因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
1989年,日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年,DIO复活了。同时,乔瑟夫的孙子,空条承太郎发现自己有幽波纹(替身)能力,DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲,陷入病危情况;为了拯救命在旦夕的母亲,承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。