月落和亚晨是一对双胞胎兄妹,他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生,被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格,一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在,被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见,各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子,而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵,试图夺取他们的力量,因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
由于两位假面骑士的活跃,邪恶组织·杰鲁修卡被消灭,但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动,而受到该邪恶组织的追杀,之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造,但二人知道改造人的悲哀,而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机,志郎舍命相救,被机关所伤而奄奄一息,为了救他一命,1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。