沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!
26年前夜见山北中学的三年三班里，曾经有一位名叫「misaki」的学生。她不仅是位运动天才还是个优等生，个性平易近人广受众人喜爱的她却在某日突然猝死，极度悲伤的同班同学们无法接受这件事实，众人决定到毕业之前仍想像见崎还活著般度过每一天。因此见崎的座位就这样一大早上课会有人来打招呼，偶而还会有人藉机搭话——但这段美丽的插曲却对三年三班带来某种扭曲的现象。而在1998年春天，转到三年三班的榊原恒一，莫名感到班上的气氛持续著不安感。在这样的班级里，有位行事异于常人，孤高的美少女见崎鸣——一只眼睛遮著眼罩总是独自一人在画画，拥有不可思议的存在感让恒一不禁想试著接近她，但却就此陷入更深的谜团之中。 随著故事的进展，班上的气氛越来越紧张，也有越来越多的人不知是巧合还是「诅咒」而意外生亡。在绫辻大师的笔触下，恐怖的气氛越发浓厚。
