故事发生在宁静的山村小镇中，个性有些害羞的少年桐岛青大（细谷佳正 配音）就居住和生活在这里。小镇的生活平和美好，但对于青大来说，依然有一个小小的烦恼萦绕在他的心头。那个名叫神咲七海（早见沙织 配音）的少女，她的身影总是不经意的出现在青大的视线中，而青大也不自觉的追随着七海的脚步。枝叶柚希（中岛爱 配音）的出现打乱了青大的生活节奏，这个性格直率活泼的女生居然自说自话的寄宿在了青大的家中，青大和柚希的同居生活就这样开始了。 除了柚希和七海外，还有一个女生的存在让青大感到格外在意。作为青大的青梅竹马，加贺月（高野菜菜 配音）的开朗性格显得格外富有魅力，徘徊在三个女孩子们中间，青大究竟该如何选择呢？
继承了利世的赫子，最初无法适应身为喰种的自己，在被“青铜树”抓走，随后与万丈的出逃计划失败并被壁虎抓走折磨时，黑发变为白发，在理解了自己喰种的本性后黑化将壁虎打成残废，并吞噬其赫子。成长为真正的喰种，战斗时头脑清晰，颇具策略。性格也从此开始转变，不会再轻易相信他人，作战时也开始变得更加果断。之后逐渐发现是医生嘉纳在自己身上进行了人类与喰种的融合实验，将赫包转移到自己体内成为了喰种。在攻入其实验室时不敌"青铜树"鯱,在追赶被带走的嘉纳时为了突破重围吞噬了大量融合失败品，成为半赫者，精神极不稳定接近疯狂的状态，被评价为ss级喰种，拥有单挑特等搜查官篠原的实力，篠原曾评价金木”你是我见过最疯狂的喰种“。
鸣海孝之（谷山纪章 配音）、平慎二（青木城 配音）和速濑水月（石桥朋子 配音）是学生时代的好友，毕业在即，三人亦即将奔向不同的未来。某日，鸣海孝之结识了名叫凉宫遥（栗林美奈实 配音）的少女，在速濑水月的牵线搭桥下，鸣海孝之和凉宫遥走到了一起。 其实，水月一直暗暗的喜欢着孝之，在生日当天，她找到了正准备和凉宫遥约会的孝之，希望他能够送自己一枚戒指作为礼物。然而，当孝之告别水月来到约会地点时，等待着他的却是凉宫遥因车祸而陷入昏迷的噩耗。三年之后，凉宫遥从昏迷中苏醒了，可是她的记忆依旧停留在三年前出事的那一天，殊不知此时的孝之和水月早已经走到了一起。
有一段时间,我(作者)沉迷于伟大物理学家霍金的宇宙与时间学说,无法自拔。后来我拿到这个命题《超神学院》,同时我玩着英雄联盟这个游戏,于是,展开了我对宇宙与未来漫无边际的想象。也许《超神学院》并没有遵守任何现代科幻与奇幻的格式与套路,而毫无顾忌的做着自己的梦想,一个类似于动漫中国梦的梦想.就让我们从地球保卫战开始,慢慢探讨人与未来吧.超神学院主要分4个季度讲述神与未来的科幻/奇幻故事.第一季度重点讲述地球人是怎样建立并训练一只足以抵御未来威胁的雄兵连战队,第二季度主题则是放在航空母舰巨峡号上,开始一场波澜壮阔的地球保卫战,第三季度则围围绕乱世出英雄,来讲述每个已经成熟了的雄兵连战士的英雄故事。
