自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
进入三月,第三学期也剩下一个月。麻衣的毕业典礼这一天终于来临。 “叔叔,你是谁?” 咲太在七里滨海岸等待麻衣时,酷似童星时代的麻衣的小学生出现在他面前? 另一方面,花枫事件之后就分开住的咲太父亲来电…… “你妈妈说,她想见花枫一面。” 无法接受花枫发生的事件而长年住院的母亲传达“想见她一面”的心愿…… 家人的羁绊,新思春期症候群的征兆──