故事紧接着上一季，通过一场精心策划的大爆炸，沃尔特（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 饰）终于除掉了长久以来的威胁古斯塔沃（吉安卡洛·埃斯珀西多 Giancarlo Esposito 饰），也将古斯塔沃一手建立的毒品帝国连根拔起。然而，“事业”上的成功并没有为沃尔特带来太多的快乐，因为他和妻子斯凯勒（安娜·古恩 Anna Gunn 饰）之间的关系再次跌落到了冰点。 古斯塔沃死了，但沃尔特的野心并没有消失，他联手杰西（亚伦·保尔 Aaron Paul 饰）与麦克（乔纳森·班克斯 Jonathan Banks 饰），开始建立属于他的新的帝国。一次偶然中，汉克（迪恩·诺里斯 Dean Norris 饰）在沃尔特家中发现了沃尔特就是海森堡的确凿证据，巨大的打击之下，他决心大义灭亲，昔日的连襟，如今沦为对手。与此同时，一股新的势力正在毒品圈内逐渐壮大，他们即将成为汉克最强大的敌人。
毛小方（林正英 饰）和七姊妹堂堂主钟君（苑琼丹 饰）之间的矛盾由来已久人尽皆知，然而，钟君的弟弟钟邦（王书麒 饰）实则五世奇人，毛小方得知此时后十分想要收他为徒。一次偶然中，毛小方结识了名为杨飞云（徐少强 饰）的男子，两人相见恨晚，相谈甚欢，很快便成为了好友。 令毛小方没有想到的是，杨飞云人面兽心，他设计陷害毛小方，使得毛小方与钟邦反目成仇。就在毛小方最失落的时候，是钟君一直陪伴在他身旁，两人之间的矛盾和误会烟消云散。杨飞云和僵尸王（李道洪 饰）同流合污，企图祸害人间，毛小方决心阻止此事，一场大战即将拉开序幕。
故事的背景设定在明朝建文四年，朱棣发动靖难之役攻占帝都应天。在这场动乱中，御史大夫景清和他的妻子罹难，他们的两个女儿，若微（汤唯 饰）和蔓茵分别被不同的人所救。若微由副将孙愚救出，蔓茵则由太子朱高炽所救。这两个姐妹命运迥异，一个成长于宫廷，一个则在江湖中度过童年和少女时期。十年后，若微参与了一次刺杀朱棣的行动，虽然刺杀未遂，但与朱棣的皇太孙朱瞻基（朱亚文 饰）结下了因缘。这个年轻的皇太孙与若微之间的关系在后续发展中显得复杂而动人。 若微和蔓茵最终同时进入宫中嫁给了不同的皇子，目睹了大明王朝从动荡中恢复的过程。她们见证了国家平定关外，迁都北京，修建运河，郑和下西洋，扬威海外，以及编纂《永乐大典》等一系列重要事件，预示着明朝盛世的来临。若微在丈夫朱瞻基登基后，决心放弃个人的执念，助其守护江山。她经历了北京保卫战等重大事件，在丈夫去世前发誓要继续守护大明王朝，最终在历史上留下了辉煌而壮丽的一笔。
