故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
《侠岚·决敌篇》讲述的是击败了三魂之汰后，山鬼谣挫败夜阳企图控制玖宫岭的阴谋。为了重新封印穹奇，破阵统领带领众人开始重铸被毁坏的神坠。另一方面，余下的三魂相继复活，一场围绕新铸成的神坠的神坠的争夺战就此展开。在众人的努力下，三魂全部被消灭，带着新铸成的神坠，众侠岚再次前往无极之渊。最终破阵统领牺牲了自己，成功击败穹奇，辗迟终于如愿以偿，救回了被穹奇附体的姐姐。
