自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
你是否想过,在霓虹璀璨的都市之下,潜藏着来自古老神话的怪物?你是否想过,在那高悬于世人头顶的月亮之上,伫立着守望人间的神明?你是否想过,在人潮汹涌的现代城市之中,存在代替神明行走人间的超凡之人?人类统治的社会中,潜伏着无数诡异;在那些无人问津的生命禁区,居住着古老的神明。炽天使米迦勒,冥王哈迪斯,海神波塞冬……而属于大夏的神明,究竟去了何处?在这属于“人”的世界,“神秘”需要被肃清!