4000年前，出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离，两人结伴游荡荒原，入商队、遭异兽、遇天劫，属于少年的冒险正在展开。在他们的身后，王朝交替、山雨欲来，夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动，那些天赋异禀的少年，早已身在局中。
在遥不可及的远古年代里，人类与神曾经共存于同一片大地，分享一样的天空世世代代，千百年来当每一个人都对神敬畏膜拜。当每一个人都认为受神劳役是理所当然的事，他选择了一条不一样的路他，要以凡人的身份向众神挑战...
一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
伝説の魔城ラダン。全てを闇と化すその強大な力の前に、 相反する力を操る陽の魔戒法師と陰の魔戒法師が力を合わせ、 多くの犠牲を払いながらもその封印に成功したという。 時は流れ、ラダンの脅威はおろか、存在を覚えている者すら皆無となっていた。 ラインシティでの激闘を乗り越えた道外流牙と莉杏は、今宵もホラーを狩り続けていた。 守りし者として、人々の幸せのために。 より強くなった絆と、磨き上げられたコンビネーションで、ホラー・ヘルツバイを圧倒する2人。 その頃、ラダンの封印されている祠に歩み寄る初老の魔戒法師ゲン。 その背後に佇む謎の青年ジンガと、謎の美女アミリ。 ゲンが法剣を引き抜くと、法剣は赤ノ短剣と青ノ短剣に分離して飛び去ってしまう。 そして現れる黒い水晶の様な物体。 それこそがラダンであり、その表面に刻まれる数字は、真の覚醒へのカウントダウンだった。 ヘルツバイの魔の手から女性ユキを救った流牙と莉杏は、その夜空に赤い流星を見る。 それは飛び去った赤ノ短剣だった。 リュメの緊急召集により赤ノ短剣と青ノ短剣を探し出し、 再びラダンを封印する使命を受けた流牙と莉杏は、新たな戦いへと旅立つ。 時を同じくして、ラダンの封印が解かれるのを待っていたかの様に立ち上がる魔戒法師がいた。 その名はガルド。彼もまた短剣を探すべく、魔導具のハルナと共に行動を開始する。 果たしてラダンは甦ってしまうのか？ ガルドの真意とは？ ジンガとアミリの野望、その正体は何か？ 闇を照らす光となれ、道外流牙！ 辛く悲しい決断を乗り越えろ、莉杏！ 全ての陰我を断ち斬れ、黄金騎士ガロ翔！ 吹き荒れろ、金色の嵐！
