该剧改编自步月浅妆的小说《权宠之仵作医妃》，讲述大理寺卿沈毅因卷入晋王案，全家惨遭灭门，其女沈莞借用秦府九娘子秦莞的身份逃到荆州。原本柔弱可欺的秦莞“性情大变”，不仅会治病救人，还能剖尸探案，顺带将秦府的伯母庶妹姨娘刁奴治得服服帖帖。探案期间秦结识了睿王世子燕迟，燕迟一心为晋王翻案，与秦莞为父昭雪的目标不谋而合，二人一起回京，途中联手破获了各式诡谲大案。回京后，一具意外发现的骸骨让晋王案得以重提，燕迟和秦莞一起慢慢接近了案件的真相，发现了皇宫里深藏的惊天秘密。
故事从大学生四叶枫开始展开，他是一个完全没有恋爱经验的人，却被校内人人憧憬的学长鸿上沙罗告知“自己是来自平行世界的存在，并且他们在那个世界中是恋人关系”。随着情节的发展，二人面对各自隐藏的秘密和内心的挣扎，逐渐揭示他们对爱情的选择。
明朝严世藩（罗乐林）为排除异己杨继盛，遂派出豢养的杀手“十三死肖”往杨家斩草除根。杨家乃武林世家，十二死肖接连失手，藩最后唯有派出最厉害的第十三死肖“人”（钱小豪）执行任务。适盛之子云清（张兆辉）有事要赴武当，杨家无人能敌“人”之武功，惨遭灭门。当“人”手刃身怀六甲的杨家媳妇时，天刚正亮，就在此刻“人”发生极大变化！原来“人”只能于夜间杀人，天亮便复现人性。“人”在日出那瞬间杀人，良心发现痛不欲生，决背叛藩流浪江湖。藩恐“人”成后患，下令余下死肖追杀之。“人”幸得清仗义相助，得以歼灭所有死肖，清更不记旧仇助“人”解除毒咒回复常态。“人”为报答清，决以死赎前罪……
众人皆知移花宫宫主邀月（于莉 饰）美若天仙但心狠手辣，但宫女月奴（萧蔷 饰）却偏偏要挑战她的底线。她本以为和江枫（陈俊生 饰）私奔最惨不过是一死，但没想到，她那两个刚刚出生的婴儿却得到了比死亡还要悲惨的将来。邀月抱走了其中的一个取名为花无缺（苏有朋 饰），将另一个留给了江枫的结拜兄弟，名震江湖的大侠燕南天（林瑞阳 饰），她要让这两兄弟在不知情的情况下成为仇人，骨肉相残。燕南天查出义弟之死实为遭人陷害，愤怒的他一路追到恶人谷，却中了恶人们的埋伏武功尽失。恶人们收养了燕南天带来的婴孩，取名小鱼儿（林志颖 饰）。 二十年之后，小鱼儿离开恶人谷进入了险恶的江湖，在与温柔可人的铁心兰（陈德容 饰）互生情愫之后又遇见了泼辣的张菁（李绮红 饰），而此时的花无缺也成为了一名武功高强的翩翩美少年，离开移花宫的他目标只有一个，那就是杀掉“仇人”小鱼儿。
