创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。                                                                      　　南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。                                                                      　　另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。                                                                      　　要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。                                                                      　　而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…

这是一个人类科技高度发达，已可以自由出入宇宙的时代……                                                                      　　人们纷纷向太空的殖民卫星移民并形成庞大的群体，随后便为争取政治、经济地位而掀起运动，进而引发了地球与殖民卫星的武力冲突。                                                                      　　战火不断地燃烧，数以千万计人们的生命被一次次的战争埋葬。终于，“第七次宇宙战争”爆发了，这场战争几乎导致人类社会的崩溃。存活下来的人们，在荒废的地球上开始了艰难的重建工作，这一新的时代，被称为战后世纪（A.W）。