故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen jijidy.com 和 Frank Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
原来饺子馆不是消失了，逝炎的能力是操纵光线，她的结界使得在里外的人看不见结界里面的任何东西。另一方面，辗迟和千钧看见饺子馆不见了紧张她们的安危，两人合力打破了结界，结果让逝炎逃走了，幸亏千钧及时出手使托盘又失而复得。只是她们不明白为什么逝炎在占优势的情况下没有伤害辰月？辗迟和千钧想起了弋痕夕，赶到了甄有钱家，并治好了甄有钱的女儿。并且，他们还解开了为什么逝炎没有直接附体甄有钱的原因——侠岚印记。为了感谢他们，甄有钱把磁杓给了弋痕夕师徒……
当艾伦释放出巨人的终极力量时，世界的命运岌岌可危。怀着消灭所有威胁艾尔迪亚的人的强烈决心，他率领一支不可阻挡的巨人大军向马莱进击。
机械帝国·黑岩浆企图征服世界，它利用高科技制造出一连串大灾害，并在联合国会议中向人类宣战。因此，联合国一致通过组建“太阳战队”的方案，让太阳战队与机械帝国黑岩浆对抗。
