沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
当初为了避开巨人的进攻，人类修建了地下街道，不过这项企划很快废止，地下街最终成为贫民与无法之徒的栖息之所。利威尔（神谷浩史 配音）和法兰是一对好朋友，他们自行学会了立体机动装置，渴望有朝一日沐浴在阳光雨露之下。偶然的机会他们救助了被人追杀的女孩伊莎贝尔，伊莎贝尔则恳求二人教她使用立体机动装置。在此之后，他们被神秘政客召唤，要求执行一项绝密任务，以赢得地面居住权。行动中他们遭到调查团的追捕，埃尔文·史密斯（小野大辅 配音）欣赏利威尔等人的实力，于是将其招入调查团中。 三个少年如愿走上地面，不过他们仍没忘记未完成的任务…
宇宙中一个超级黑洞，正在向塞博特恩袭来。但是，没有任何对抗这个黑洞的手段，塞博特恩只有被消灭的命运。就在这个时候，一个叫引天行的古代战士穿越时空，来到了塞博特恩。引天行声称只有一种叫“Planet Force 行星之力”的东西可以拯救塞博特恩。“行星之力”是由创造宇宙的元始天尊的火种制造，它们有着具有巨大的威力。运用这种力量，就可以摧毁黑洞，恢复所有被吞噬的星球。为了争夺这些上古圣物，两派争端再起。随着4个藏有行星之力的星球逐步被发现，原来越多风格各异的变形金刚卷了进来。烈焰擎天柱、火线擎天柱、守护擎天柱、巨神擎天柱，他们是敌是友，他们能否帮助星辰擎天柱最终摧毁黑洞，战胜神尊威震天。这一切都将在华丽的CG动画中完美展现。
铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
