佐伯丽奈(原奈津子 配音)是一名平凡的高中二年级女生,个性十分开朗活泼的她对世间的一切都充满了浓重的好奇心。朝比奈凉香(藤田奈央 配音)是丽奈的同班同学,一头利落短发的她,性格像男孩一样大大咧咧,不仅运动神经非常发达,成绩也常年霸占年级第一名的宝座。五十岚琉璃子(徳井青空 配音)是丽奈青梅竹马的玩伴,沉默寡言时常放空自己的她实际上拥有超强的灵感力,常常能看见别人看不见的东西。 故事围绕着三个女孩展开,她们利用超市里非常常见的廉价食材,却做出了能够让人感受到温暖的美味料理。
冬空凩(小野友树 配音)自幼就有着比一般人强烈的灵感力,常常会遭到幽灵的附身,人生因此一直都不是很顺利,甚至因此而背负上了巨额的债务。无奈之下,冬空凩只得到处寻找容身之处,就这样来到了名为摇曳庄的温泉旅馆之中。 虽然摇曳庄的所有住客都是女性,但冬空凩最终还是在这里找到了落脚之地。天真可爱的地缚灵汤之花幽奈(岛袋美由利 配音)、每天都沉浸在妄想之中的美少女偶像宫崎千纱希(铃木绘理 配音)、对妖怪感到深恶痛绝的灵能忍者高桥李依(高桥李依 配音)、酒吞童子的后裔荒霸吐吞子(加隈亚衣 配音),和冬空凩住在同一屋檐下的是这些奇奇怪怪的美少女们。
柯南和小五郎等拉着大队,来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传,大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”,及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传,在“海底宫殿”附近潜水时,意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人,不料其中一人突然遭鲨鱼攻击,不幸身亡!小兰和园子幸运逃难,柯南见那位猎人死状诡异,与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死,跟宝藏传说有着莫大关系,他试图解开背后原因,“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后,满以为有所起色,猎人却突然现身,并偷走了原来发现的宝藏!小兰和园子落在猎人的魔掌之中,性命危在旦夕!隐藏于传说中的讯息是什么?“海底宫殿”有什么秘密?穿越300年时光的暗号,柯南誓要逐步解开迷题
无极之渊大战后,破阵、浮丘等人被石化封印。山鬼谣独担重任,力挽狂澜。同时穹奇希望重铸神坠来解开封印,而破阵则希望重铸神坠以加强封印,辛垣、夜阳怀着不可告人的意图夺取记忆珠欲控制破阵等人。