本剧改编自作者横山光辉同名漫画,故事讲述当织田信长的天下统一大业近在眼前时,琵琶湖畔以南蔓延着一个名为《金目教》的诡异宗教。据说不信此教者会遭受可怕的诅咒——。为暗中调查《金目教》的真相,信长决定委托《假面忍者》出马……一名以忍者身份隐于暗处的青年(佐藤大树),最终化身为“假面忍者·赤影”。
1992年,哈尔滨731陈列馆工作人员小金在整理史料时,发现这段历史的记录残缺不全,为寻找真相,他踏上了一场跨越数十年的跨国取证之旅,逐渐还原出那段被尘封的黑暗岁月真相。故事采取双时间线叙事,镜头回到日军侵华期间的哈尔滨,通过几个当事人的视角,深刻揭露日军731部队残酷的人体实验和泯灭人性的暴行,鞭笞日本军国主义的反人类本质,凸显中国人民坚韧的抗争精神。