在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。
六十年代香港，经营皓月珠宝店的富商朱兆昌（刘江饰）膝下只有三个女儿，长女朱碧云（商天娥饰）、次女朱碧霞（宣萱饰）及三女儿朱碧霖（陈美诗饰）。兆昌一直希望勤奋又聪明的碧霞继承家业，但碧霞不理父亲的期望，反而离家出走。兆昌只好将碧云嫁给自家伙计何祥兴（林保怡饰），让其协助打理家族生意。而兆昌的外甥洪耀生（陶大宇饰）一直对兆昌的家业虎视眈眈，更利用职务之便以权谋私。 世事无常，碧霞的丈夫身故，兆昌因肝癌去世。碧云与碧霞共同管理珠宝店。然而觊觎朱家财产已久的耀生，居然与苏丽嫦（滕丽名饰）合谋，谎称丽嫦为兆昌情妇。为夺家业，他更不惜挑拨离间三姐妹的感情，三人视如水火。四分五裂的朱家，频临家破人亡的惨状。此时，朱家三姐妹才恍然觉悟，终于团结起来，联手作出大反击。
