《陌生人6》的故事发生在未来的韩、中、日三国经济共同区域——大连。三国情报当局获知以大连为震中，5年内极有可能发生一场毁灭性的大地震，威胁到三国乃至整个亚洲的存亡。而唯一能阻止这场大地震的方法是在大连机场地下设置特殊装置，将能源排放到地壳之外。三国为此决定秘密进行工程。但有一股黑暗势力企图暗杀工程相关负责人、阻止工程、泄露秘密。于是，三国情报当局各派出2名要员，与这股黑暗势力展开斗争。
故事围绕三位性格迥异的中年好友展开：吉井雄太曾是大型商社王牌业务，如今被调闲职，生活空虚；藤卷肇是中学电影部部长，个性偏执、曾梦想成为导演，但近年来创作热情消退；菊原纪介性格柔弱，继承母亲理发店，照顾渐患失智症的母亲而迷失自我。某天，三人因一则旧城镇的新闻重聚，回忆起1988年的青春岁月与电影研究部往事，发现曾崇拜的女顾问老师神秘失踪。三人重新踏上寻找真相的旅程，在怀旧与现实交错中，找回初心与青春热血。
