大战后，秦羽大难不死，并与小黑意外的传送至雷山居中，在依靠流星泪修身体后，通过雷山居智能管家小星的引导，得知了雷山居与异世界修道者雷卫的过往，了解到这些过往的秦羽大受触动，决心拜雷卫为师尊，并且修行雷卫所创《星辰变》，努力将外功修炼至先天极限。并惊险的双双渡过了四九天劫。挺过天劫的两兄弟一番整顿后准备返回潜龙大陆报平安并帮助父兄成就大业。
故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
