《海底小纵队第六季》是以海洋作为故事上演的舞台，动画主要讲述了八个可爱小动物组成的海底探险小队的故事。本季小纵队的成员们再次准备出发去解决海底及陆地的险情、排除潜在可能发生的危险。 海底小纵队以巴克队长为领导核心，集结了呱唧、皮医生、达西西、章教授、谢灵通、突突兔、小萝卜等团队成员，他们为小动物提供帮助与救援，完成海底小纵队“探险、拯救、保护”的使命。 海底小纵队第六季每一集动画都建立在一次探险的基础之上，小队成员发挥自己的特殊本领，克服险境，探索海洋奥妙，发现未知生物。
故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，一名外星人意外从宇宙坠落，他手持有着象征身份的红色宇宙回旋镖“奥美迦头镖”，并有着“究极”的称号。失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样，被人称为“宙人”。初到地球的宙人，对人类充满好奇，积极主动地接触和了解这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人认出这些生物正是记忆中的 “怪兽”。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽展开战斗。与此同时，地球上的人类对突然现身的巨型生物，以及手持红色头镖与之战斗的巨人充满疑惑。为探寻真相，人类开始从各个角度观察这位神秘巨人。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。作品将通过他们之间的羁绊与经历，深度探索 “奥特曼为何要守护地球” 这一问题的答案。现在正是觉醒之时。
春日野悠带着双胞胎妹妹穹来到了远离城市的偏僻乡镇——奥木染。他们小时候暑假去过好几次的外公的家就在那里，那里是个令人怀念的地方。因为意外事故失去了双亲，失去了依靠的两人，决定搬到现在无人居住的祖父家，在那里生活。
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从小时候开始，就感觉街道和人没什么变化。怀念的回忆和宁静的环境治愈着悠，但慢慢地，变化来临了。刻骨铭心的回忆随着时间开始转动了。对于伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事就此开始 [3]。
